Государственный музей истории и культуры Андижанской области был основан в 1934 году на территории архитектурного комплекса Джами, в здании медресе, на базе сельскохозяйственной выставки. В 1970 году в здании был открыт филиал Государственного музея литературы Узбекистана. В 1995 году в здании медресе появился отдел народно-прикладного искусства Андижанского областного музея литературы и искусства, который стал главным корпусом Государственного музея истории и культуры Андижанской области. Экспозиции по краеведению переехали в 1982 г. в отдельное здание.

В настоящее время музей состоит из нескольких отделов и филиалов это:

• Главный корпус Государственного музея истории и культуры Андижанской области
• Краеведческий музей
• Отдел изобразительных искусств
• Дом-музей Захириддина Бабура
• Мемориальный музей Абдулхамида Чулпана
• Мемориальный музей Закиржона Хабиби

 
В фондах музея собрана богатая коллекция предметов, относящихся ко всем периодам истории и культуры региона. Общее количество экспонатов достигает более 66 тысяч единиц хранения.
Коллекция древностей Андижанского областного историко-краеведческого музея формировалась из археологических находок, обнаруженных на территории Ферганской долины. Есть и нумизматическая коллекция, в том числе, включающая монеты времен бабуридов, тимуридов и караханидов.

Самостоятельные археологические работы музей начал в 1956 году под руководством Валентины Ивановны Козенковой, которая работала в музее с 1955 по 1959 гг. В дальнейшем музей проводил раскопки на таких объектах, как Дальверзинтепа, Элатан, Шортепе, Гайраттепа, Чордон и Мингепе, а также на более чем 200 других древних археологических памятниках в регионе. Эти работы выполнялись в рамках научных экспедиций, организованных совместно с археологами Института археологии Самарканда имени Я. Гулямова.

Объекты, найденные на этих раскопках, представлены в экспозиции музея. В ней выделены следующие разделы:

• Палеолит, мезолит, неолит и энеолит (начало I тысячелетия до нашей эры и I тысячелетие нашей эры);

• Андижан в бронзовом веке (культура Чуста, Дальварзин, Эйлатан);

• Начальные стадии государственности. Довон (Паркана) (IX–VIII–V вв. до н.э.);

• Андижан в раннем средневековье. Западно-тюркское ханство (V–VIII вв.);

• Андижан в развитом и позднем средневековье (X–XII веков);

• Тимур и эпоха Тимуридов. Развитие науки и культуры во времена Тимура и Темуридов и вклад Бабура в мировую культуру;

• Андижан в период Шайбанидов.