Государственный музей истории Узбекистана был образован в 1876 г. на базе Ташкентского музея при Туркестанском статистическом комитете. С 1943 года музей входит в состав Академии наук Республики Узбекистан. В 1992 году он был реорганизован в самостоятельное научно-исследовательское учреждение, а с 1994 года получил статус государственного музея. В 1995 году, после реконструкции и передачи здания бывшего музея Ленина, Государственный музей истории Узбекистана открыл обновленные экспозиции на новых площадях.

В фондах музея хранится свыше 300 тысяч экспонатов. Включая коллекции по археологии (свыше 70 тыс.), нумизматике (свыше 100 тыс.), этнографии (свыше 18 тыс.), вещественные реликвии (10 тыс.), а также архив документов новой и новейшей истории и фотонегативов (60 тыс.) единиц хранения.

Обширная археологическая коллекция охватывает различные этапы древней и средневековой истории страны. Находки, относящиеся к средневековью, представлены в разделе экспозиции «Государственные образования на территории Узбекистана». Среди них выделяются фрески из Афрасиаба, датируемые VII веком, и барельефы из Варахши VIII века.

В фондах музея также хранится небольшая коллекция, иллюстрирующая контакты с тюркским миром. В ней представлены каменные изваяния и находки, обнаруженные в ходе раскопок раннесредневекового погребения с лошадью, проведенных у обсерватории Улугбека.