Музей является подразделением Института археологии и этнографии СО РАН. В его структуру входят Музей истории и культуры народов Сибири и Дальнего Востока  и Историко-архитектурный музей под открытым небом.
Музей был создан вскоре после организации в Сибирском отделении АН СССР в 1964 г. первого гуманитарного института – Института истории филологии и философии – по инициативе его первого директора академика А.П. Окладникова. Позднее в 1981 г. он организовал Историко-архитектурный музей.

Современные экспозиции музея отражают итоги экспедиционных археологических и этнографических исследований сотрудников ИАЭТ СО РАН  широкого географического региона Сибири и Дальнего Востока.
В настоящее время Музей истории и культуры народов Сибири и Дальнего Востока расположен в отдельно стоящем здании лабораторно-выставочного комплекса Института археологии и этнографии СО РАН по ул. Золотодолинская, 4. На общей площади более 500 кв. м. размещены экспозиция (315 кв. м.), фонды, реставрационная лаборатория.

При создании экспозиции музея использовались историко-культурный подход, ставшая традиционной периодизация по эпохам: палеолит, неолит и бронза, ранний железный век, средневековье. Последний зал посвящен духовной культуре современных народов Сибири и Дальнего Востока.

Комплексный характер исследования, изучение всего спектра культур Сибири и Дальнего Востока от эпохи камня до этнографической современности дают возможность при помощи разнообразных экспозиций показать истоки и динамику развития культур.

Историко-архитектурный музей под открытым небом расположен на открытой площадке по адресу: ул. Ионосферная, 6/1. Площадь территории музея составляет 46,5 га. На ней расположено несколько рекреационных зон, археологические, этнографические, архитектурные памятники, экспериментальная площадка, административный корпус, в котором размещена одна из экспозиций.

В зоне архитектурных памятников центральным экспонатом является шедевр русского деревянного зодчества церковь Спаса Нерукотворного образа из Зашиверского острога, построенная в 1700 г. На территории музея частично экспонируется Юильский (Казымский) острог XVIII в.  из Нижнего Приобья. Выделена зона археологических памятников, в которой представлены каменные стелы и изваяния различных эпох от периода бронзы до средневековья. Здесь же расположен полигон с реконструкциями орудий и приспособлений для ловли животных и охоты. Этнографическая зона представляет собой реконструкцию родового святилища манси.

Коллекции тюркского времени:

 История первых государственных образований Сибири и Дальнего Востока отражена в экспозиции эпохи средневековья. Здесь представлены материалы из раскопок памятников государства Чжурчженей в Приамурье (X–XII вв.), эпохи Тюркского каганата (VI–VIII вв.) на Алтае и в Западной Сибири и других кочевнических объединений. Представлены комплексы тюрксого времени – реконструкция погребального обряда, вооружение, детали поясных наборов, конское снаряжение. 

Коллекции тюркского времени происходят из разных регионов Сибири в том числе из регионов Большого Алтая и сопредельных территорий: Кузнецкой котловины, Хакассии, Тувы.
В музее истории и культуры народов Сибири и Дальнего Востока представлены материалы с таких  известных памятников тюркского времени Горного Алтая как курганные могильники: Ак-Алаха III, Ак-Кобы III, Балык-Соок I, Барбургазы II, Бертек-27, Бертек--27, Бертек-34, Джолин  I  и III, Курай, Талдуаир I, Усть-Чоба I; Юстыд XII, Юстыд XXIV. Эти некрополи исследовались сотрудниками ИАЭТ СО РАН и другими археологами: В.А. Молодиным, Д.Г. Савиновым, В.Д. Кубаревым, А.И. Соловьевым, Ю.С. Худяковым; О.А. Митько; Ю.В. Тетериным, Г.В. Кубаревым
Каменные изваяния тюркского периода в  Историко-архитектурном музей под открытым небом происходят из разных районов Горного Алтая и Тувы.